1980年，完成高等军事学院进修的傅全有重返原部队，彼时，第3师已换任新师长，他需要接受新的岗位安排。

自1978年5月起，他开始担任1军3师的师长职务，直至1979年3月，他被调往高等军事学院深造。在3师的任职时间仅一年多。然而，他在3师的表现十分突出，部队进行的118项考核中，他领导的部队在多达110个项目上获得了优秀或良好的评价，这使得3师在1军中排名靠前。

回归第一军时，他发现自己已不在编制之内。不久，上级通知他前往第一军，担任副参谋长一职。从职位变动上看，这并非晋升，而是平级调动。至于为何未获提拔重用，原因在于他升任正师长还不满两年。此番平调，是上级在进行人才储备，还是仅仅是一种常规安排？

得知他不再担任部队指挥员，而是转至机关任职的消息后，部门内部产生了一些波动。有人议论纷纷，认为这次调动实则职位暗降。毕竟，他在副师级岗位上已耕耘十年，刚晋升为师长并取得显著成绩，未曾想非但未继续担任正职，反而转为了副职。

相较于副参谋长，即便是军参谋长，其地位也不及师长那般举足轻重。在战争期间，师长能够亲临前线指挥作战，而参谋长则主要负责辅助上级领导，并承担司令部内众多繁杂的日常事务管理，这些工作细碎且繁重，使得参谋长难以抽身参与前线战斗，副参谋长的情况更是如此。

后勤部负责人赵永全为傅全有感到不平：师长，这样处理不恰当！你受了委屈。然而，傅全有并未感到自己遭遇不公，他反而强调参谋工作意义重大。他对这位老部下说道：你以为调到机关就是吃亏吗？你的想法不对。

司令部犹如军队的指挥中心，其核心职责在于引领部队行动。参谋长则辅助指挥官进行作战部署，选拔具备能力与品德的人员担任参谋职务至关重要。所有军事行动的规划均需通过司令部来完成，其重要性不言而喻。

1980年5月，他接手了1军副参谋长的职务。那时，军区机关人员配置冗余，副参谋长职位竟有四个人之多。然而，人员增多并未带来工作效率的提升，反而有所阻碍。同时，参谋长因健康问题入院治疗。在履行了十个月的副职职责后，他被正式任命为1军参谋长。这一人事变动表明，上级有意栽培他，副参谋长一职更像是一个准备阶段。

1982年，国家倡导干部队伍年轻化，鼓励选拔并重用年轻且具备能力的领导者，傅全有因此获得了晋升机会，后来成为了副军长和军长。他从军队副参谋长到军长的职位晋升，仅用了三年时间。更令人惊讶的是，在1985年全军进行精简与重组时，傅全有被提议担任成都军区司令员，直接从军长职位跃升至大军区司令员。这时，他担任军长仅满两年。

在担任大军区司令长达七年之后，他于1992年转任总后勤部部长的职务。三年后，即1995年，他被晋升为总参谋长。